癌癥的發(fā)生、進(jìn)展、轉(zhuǎn)移、治療應(yīng)答和耐藥可能源于腫瘤細(xì)胞克隆中突變的不斷累積。腫瘤細(xì)胞中的突變幾千到幾十萬不等，然而大多數(shù)突變在癌癥進(jìn)展中沒有實質(zhì)性作用，通常被稱為伴隨突變，相反，少量突變是驅(qū)動突變，涉及腫瘤的發(fā)生和進(jìn)展，部分驅(qū)動及相關(guān)的信號通路可能是“actionable”，即具有指導(dǎo)治療和預(yù)后判斷等價值。臨床醫(yī)生可以根據(jù)存在或不存在這些基因突變進(jìn)行臨床決策，如與結(jié)直腸癌中表皮生長因子受體抗體耐藥相關(guān)的KRAS突變，與非小細(xì)胞肺癌相關(guān)的EML4-ALK融合等，腫瘤基因突變檢測對指導(dǎo)腫瘤靶向治療、免疫治療、耐藥監(jiān)測及預(yù)后判斷等方面都具有重要意義。
二代測序（NGS）是臨床腫瘤基因檢測常見檢測技術(shù)，但是動輒幾十上百頁的基因檢測報告，里面充滿形色的專業(yè)醫(yī)學(xué)術(shù)語和生物信息學(xué)描述，對沒有任何醫(yī)學(xué)/生物學(xué)基礎(chǔ)的患者來說猶如“天書”。作為基因檢測的結(jié)論，臨床基因檢測報告是其在臨床應(yīng)用的重要依據(jù)，如何正確理解NGS報告的邏輯結(jié)構(gòu)、抓取關(guān)鍵信息并綜合分析，以實際指導(dǎo)臨床決策, 決定了NGS檢測能否為腫瘤患者帶來真實的臨床獲益。
今天小編就和大家分享一下，如何讀懂一份基因檢測報告。
在正式閱讀之前我們先了解一份基因檢測報告的組成。盡管基因檢測方法多樣，但基因檢測報告主要原則是一致的，即應(yīng)符合《臨床基因檢測報告規(guī)范與基因檢測行業(yè)共識探討》和《臨床分子病理實驗室二代基因測序檢測專家共識》等基本規(guī)范。
第一類是報告正文必不可少的內(nèi)容，包括：
①檢測機構(gòu)的信息和聯(lián)系方式；②受檢者的基本信息；③送檢機構(gòu)及醫(yī)師的信息；④檢測樣本的信息；⑤樣本接收及檢測報告的日期；⑥檢測項目及檢測方法；⑦檢測結(jié)果：被檢出的基因變異；⑧結(jié)果解讀；⑨建議；⑩檢測方法的適用范圍和局限性；?參考文獻(xiàn)；?檢驗報告撰寫者、報告結(jié)果核對者和報告終審及簽發(fā)者（親筆簽名或電子簽名）。若為第三方檢測機構(gòu)完成的檢測，則應(yīng)在報告中加蓋第三方檢測機構(gòu)的“檢測報告專用章”。
第二類是可以附錄形式呈現(xiàn)的相關(guān)信息：如檢測中靶基因名稱或范圍、更為詳細(xì)的相關(guān)疾病臨床表型和遺傳方式、檢測的技術(shù)參數(shù)、數(shù)據(jù)質(zhì)量、變異位點Reads圖、Sanger測序圖、與疾病臨床干預(yù)及其他有用的資源信息（包括可參與的臨床試驗及研究）等。
以慧算基因常見基因報告為例，報告的構(gòu)成主要分為檢測概覽、檢測結(jié)果詳細(xì)解讀、附錄三個部分，檢測概覽部分涵蓋了患者的基本信息、檢測項目、檢測報告小結(jié)、重要變異及靶向用藥檢測結(jié)果、質(zhì)控、基因列表等信息；檢測結(jié)果詳細(xì)解讀部分涵蓋了靶向藥物、免疫藥物、化療藥物、遺傳腫瘤綜合征相關(guān)的評估結(jié)果以及分型及預(yù)后等內(nèi)容；附錄部分涵蓋了靶向藥物列表，當(dāng)前癌種已納入醫(yī)保的腫瘤藥物信息、靶向敏感藥物詳細(xì)介紹、PD-1/PD-L1 免疫檢查點抑制劑介紹、部分遺傳性腫瘤綜合征介紹以及部分參考文獻(xiàn)等內(nèi)容。
基本信息
基本信息是報告的第一道關(guān)口，包括患者的基本信息、樣本的基本信息、送檢套餐等內(nèi)容，基本信息準(zhǔn)確是保證一份報告信息準(zhǔn)確的前提，根據(jù)患者提供的基本信息進(jìn)行系統(tǒng)錄入，依據(jù)患者的臨床診斷、送檢項目進(jìn)行生信數(shù)據(jù)分析、知識庫注釋，診斷信息的明確對后續(xù)藥物敏感性分析起著重要作用。
腫瘤靶向藥物分析主要關(guān)注靶點基因變異對藥物療效的影響，包括敏感性、原發(fā)性耐藥、繼發(fā)性耐藥等?；诟咄繙y序技術(shù)的發(fā)展，越來越多的生物標(biāo)志物被發(fā)現(xiàn)，除了常見的靶點基因，藥物靶點信號通路上下游基因、信號旁路基因、協(xié)同突變基因等均可能影響靶向藥物的療效。目前對于腫瘤靶向用藥分析可參考2017年美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)協(xié)會（ACMG）、美國分子病理協(xié)會（AMP）、美國病理學(xué)協(xié)會（CAP）和美國臨床腫瘤學(xué)會（ASCO）專家組成員聯(lián)合發(fā)布的癌癥變異注釋及報告標(biāo)準(zhǔn)指南，根據(jù)文獻(xiàn)報道及工作組專家共識，提議將基因變異與臨床相關(guān)性證據(jù)分為4級。I級和II級變異與腫瘤靶向治療相關(guān)，依據(jù)臨床證據(jù)來源，專家組將I級變異又細(xì)分為A、B等級，II級變異細(xì)分為C、D等級。
在臨床檢基因檢測的報告中，除了一些與腫瘤發(fā)生、發(fā)展及用藥關(guān)系明確的變異之外，往往也會發(fā)現(xiàn)報告羅列出“臨床意義未明”變異，所謂臨床意義未明變異（VUS），就是這些基因變異目前尚未被證實與腫瘤的致病性關(guān)系，因此，腫瘤臨床意義未明變異并沒有相關(guān)的用藥指導(dǎo)意義，通過VUS突變來指導(dǎo)患者的診治并不可取。對于變異位點的致病性判斷，可能隨著研究的不斷深入被發(fā)現(xiàn)存在更多的致病性證據(jù)，從而修訂最初的判定。越來越多的臨床意義未明變異將改變“身份”，可能被重新分級為致病性或者良性等級，用來輔助醫(yī)生指導(dǎo)患者的診治決策。因此，在《臨床基因檢測報告規(guī)范與基因檢測行業(yè)共識探討》中，明確建議，臨床意義未明的變異應(yīng)該同樣體現(xiàn)在檢測報告中。總而言之，腫瘤患者的臨床意義未明變異不應(yīng)絕對當(dāng)成“無關(guān)過客”，也需要受到臨床和受檢者的關(guān)注，尤其是那些基因檢測并未發(fā)現(xiàn)明確致病性變異的腫瘤患者。
靶向藥物相關(guān)標(biāo)志物評估
本次檢測小結(jié)是對檢測報告的總結(jié)，能夠一目了然的看到這份報告的檢測結(jié)果，本次檢測到的體細(xì)胞變異（Ⅰ類、Ⅱ類）和藥物相關(guān)其他變異（胚系變異、野生型、復(fù)合變異）、靶向藥物相關(guān)標(biāo)志物評估匯總、免疫治療相關(guān)標(biāo)志物評估匯總、其他相關(guān)標(biāo)志物評估匯總，以及相關(guān)的解釋說明。
關(guān)鍵信息：主要看“ l類變異（具有A級或B級證據(jù)）”，“Ⅱ類變異（具有C級或D級證據(jù)）”。以上述報告為例，該樣本共檢出6個體細(xì)胞變異、1個胚系變異和1個復(fù)合變異，其中Ⅰ類變異為肺癌高頻突變EGFR 19外顯子插入缺失（c.2239_2248delinsC），且突變豐度較高，達(dá)26.67%，該突變?yōu)?/span>EGFR致敏突變，檢出該突變提示患者可能對EGFR-TKI用藥敏感（阿法替尼、阿美替尼、?？颂婺帷W希替尼、達(dá)可替尼等），報告小結(jié)中展示了與該突變相關(guān)的A,B級證據(jù)的藥物，在報告中“具有明確臨床意義的變異解讀（Ⅰ類變異）”部分展示了和該變異有關(guān)的ABCD級全部證據(jù)。
突變頻率又稱“突變豐度”，指的是發(fā)生某個突變的腫瘤細(xì)胞占所有腫瘤細(xì)胞的比例。一般而言，敏感突變的變異頻率越高，應(yīng)答的可能性就越高，用藥效果會比較好；變異頻率越低，雖然存在敏感突變，但是用藥效果可能并不理想。但無論高或低與治療效果之間都不是簡單的線性關(guān)系，豐度的高低與樣本、檢測方式、質(zhì)控等都有關(guān)，即使是同一個患者由于活檢取樣部位的不同，豐度的高低也會有明顯的差別。
當(dāng)有的靶向藥物相關(guān)標(biāo)志物評估的報告中，未能檢出I類變異或者Ⅱ類變異等怎么辦呢？
其實除了靶向藥物相關(guān)標(biāo)志物評估外，我們在做腫瘤基因檢測的時候，同樣可以提示其他的腫瘤治療方案。
免疫治療就是通過重新啟動并維持腫瘤-免疫循環(huán)，恢復(fù)機體正常的抗腫瘤免疫反應(yīng)，從而控制與清除腫瘤的一種治療方法。包括單克隆抗體類免疫檢查點抑制劑、治療性抗體、癌癥疫苗、細(xì)胞治療和小分子抑制劑等。
免疫治療相關(guān)標(biāo)志物評估
關(guān)鍵信息：評估免疫治療有效性主要指標(biāo)：TMB、PD-L1、MSI、免疫治療正相關(guān)基因變異。以上指標(biāo)有一項或多項提示可能對 PD-1/PD-L1 免疫檢查點抑制劑敏感，則患者可能對治療敏感。
腫瘤突變負(fù)荷（TMB）是指對檢測樣本進(jìn)行測序，每 1M 堿基序列中體細(xì)胞編碼突變的總數(shù)。參考值來源于 TCGA（TheCancerGenomeAtlas,癌癥基因圖集）數(shù)據(jù)庫中當(dāng)前癌種的平均 TMB 值。體細(xì)胞編碼突變總數(shù)越多，則 TMB 越高，更容易對免疫治療發(fā)生響應(yīng)。
微衛(wèi)星不穩(wěn)定（MSI）是指與正常組織相比，在腫瘤中某一微衛(wèi)星由于重復(fù)單位的插入或缺失而造成的微衛(wèi)星長度的任何改變，出現(xiàn)新的微衛(wèi)星等位基因現(xiàn)象。MSI有三種檢測結(jié)果：MSI-H、MSI-L和MSS，一般來說，MSI-H/dMMR 腫瘤突變多，具有廣泛的免疫源性，因而對于 PD-1/PD-L1 抑制劑反應(yīng)良好。
程序性細(xì)胞死亡蛋白1（PD-1）/程序性死亡配體1（PD-L1）是導(dǎo)致腫瘤免疫逃逸的重要免疫檢查點分子，阻斷PD-1/PD-L1可以重新激活細(xì)胞毒性T細(xì)胞對腫瘤的殺傷作用，是一種重要的腫瘤免疫治療方式。PD-L1 表達(dá)水平的高低會直接影響到免疫檢查點抑制劑治療效果，通過檢測 PD-L1 表達(dá)水平可以指導(dǎo)免疫檢查點抑制劑的使用。研究證實患者 PD-L1 表達(dá)越高，使用免疫治療獲益的程度越大，PD-L1 表達(dá)成為指導(dǎo)臨床治療方案選擇的有利指標(biāo)。
大量臨床研究結(jié)果顯示，除了 PD-L1 表達(dá)、TMB、MSI 作為篩選免疫藥物療效的有效生物標(biāo)志物之外，基因突變也會對藥物療效產(chǎn)生影響，部分體細(xì)胞突變?nèi)?/span> POLE、KRAS、TP53 等突變的患者對免疫藥物更敏感，患者生存獲益更長，可作為免疫藥物療效正相關(guān)生物標(biāo)志物。
關(guān)鍵信息：評估免疫治療負(fù)相關(guān)指標(biāo)：免疫治療耐藥、免疫治療超進(jìn)展。如免疫治療耐藥/超進(jìn)展相關(guān)基因變異檢測結(jié)果提示對 PD-1/PD-L1 免疫檢查點抑制劑耐藥或治療后可能發(fā)生快速進(jìn)展，請結(jié)合臨床謹(jǐn)慎考慮，并加強監(jiān)測或隨訪。
免疫治療超進(jìn)展：免疫檢查點抑制劑具有良好的抗腫瘤效果，部分腫瘤患者使用后能取得長期的療效。研究發(fā)現(xiàn)，PD-L1 抑制對具有 PD-L1 高表達(dá)、較高的腫瘤突變負(fù)荷（TMB）或者錯配修復(fù)基因缺陷的患者療效更好。但是，臨床上也發(fā)現(xiàn)一些患者在使用免疫檢測點抑制劑后，腫瘤生長和惡化的速度大大加快，表現(xiàn)為腫瘤病情的"超進(jìn)展"。疾病超進(jìn)展（HPD）的判定參考以下標(biāo)準(zhǔn)：在治療后第一次評價時進(jìn)展，或至治療失敗時間（TTF）< 2 個月；腫瘤體積增加>50%；腫瘤增長速度（TGR）增加>2 倍。
免疫治療耐藥：由于腫瘤細(xì)胞上特定基因突變引起通路表達(dá)改變，可能導(dǎo)致腫瘤微環(huán)境中免疫細(xì)胞的浸潤以及功能受到抑制，引起對免疫檢查點抑制劑產(chǎn)生原發(fā)性/繼發(fā)性耐藥。
免疫治療新抗原：“Neoantigens（新抗原）”就是腫瘤中的突變多肽，在正常組織中不存在。通常情況下，抗原性越強，免疫治療效果越好。通過評估腫瘤樣本中所有突變基因與 MHC分子的親和力，可以獲得腫瘤樣本中候選的新抗原，從而制備安全有效的腫瘤特異 T 細(xì)胞。
其他相關(guān)標(biāo)志物評估
分型及預(yù)后評估：不同分型腫瘤的治療方式和預(yù)后也不盡相同，比如黑色素瘤/腦膠質(zhì)瘤/成神經(jīng)管細(xì)胞瘤/腎癌/膀胱癌/頭頸部腫瘤/輸尿管癌的TERT突變，攜帶TERT基因啟動子突變的患者預(yù)后較差，總生存期也會受到影響。檢測TERT啟動子突變可用于評估某些癌癥如黑素細(xì)胞的惡性潛能或區(qū)分某些癌癥與其良性病變。另外，對于一些癌癥類型來說，如乳頭狀甲狀腺癌，黑色素瘤、膠質(zhì)瘤和頭頸部腫瘤等，TERT啟動子突變等（如果同時存在BRAF突變）與預(yù)后較差有關(guān)。比如甲狀腺癌，同時攜帶BRAF V600E與TERT啟動子突變的患者與攜帶BRAF V600E單突變或TERT啟動子單突變患者相比，預(yù)后更差，復(fù)發(fā)風(fēng)險更高。比如非小細(xì)胞肺癌，攜帶 TP53 基因突變的非小細(xì)胞肺癌患者預(yù)后較差，與 TP53 野生型患者相比，總生存期明顯較短。明確分子分型，能夠協(xié)助臨床醫(yī)生知道患者后續(xù)治療，有助于最大程度提升治療效果。
化療藥物評估：不同人群由于其基因的多態(tài)性（SNP），使其對化療藥物的療效和毒副作用會有很大差異。通過對化療藥物相關(guān)基因位點多態(tài)性進(jìn)行檢測，參考PharmGKB數(shù)據(jù)庫對患者的檢測解讀詳情，分別列出了藥物與患者實際檢出結(jié)果間的用藥風(fēng)險評估和參考證據(jù)級別，醫(yī)生可據(jù)此對患者選擇合適的化療藥物，減少毒副作用，避免治療方案的反復(fù)調(diào)整。
家族性遺傳綜合征風(fēng)險評估：某些遺傳基因在與多種腫瘤的發(fā)生密切相關(guān)，由于這些基因的致病性突變導(dǎo)致罹患某些腫瘤的風(fēng)險大大增加，病理學(xué)上稱之為遺傳性腫瘤綜合征。依據(jù)美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會（ACMG）和國內(nèi)外各大指南，遺傳性腫瘤解讀針對基因檢出的致病性等級可以分為以下五類：致病性、可能治病性、臨床意義未明、良性、可能良性。對于腫瘤患者而言，檢出了胚系基因突變，說明該基因是該個體罹患腫瘤的重要遺傳因素。而部分胚系突變的患者，在某些條件下，還可以使用療效顯著的靶向藥物，比如對鉑類敏感的BRCA突變晚期復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移卵巢癌的患者，可以考慮奧拉帕利等PARP抑制劑。遺傳性腫瘤基因檢測的重點在于對相關(guān)癌癥的針對性預(yù)防，如果檢出致病性突變，那么在針對性預(yù)防的同時也需要注意血緣親屬是否同樣攜帶。如果是陰性結(jié)果，也不意味著完全高枕無憂，后天的生活習(xí)慣、環(huán)境因素等也會導(dǎo)致體細(xì)胞突變進(jìn)而導(dǎo)致腫瘤發(fā)生。
其他藥物治療方案
報告中還提供針對患者本癌種，獲批的多靶點抑制劑、單抗類藥物、聯(lián)合用藥方案等，可以為一些沒有敏感性突變的患者，在治療方案的選擇上多一些參考。
相關(guān)臨床試驗參考
如果檢測出了變異，但是沒有已上市的可用的靶向/免疫藥的情況下，很多患者或可嘗試臨床試驗的機會，慧算基因的報告的附錄里，清晰的列舉了符合癌種分類、年齡、性別、基因變異等入組/排他條件的正在進(jìn)行中的藥物臨床試驗等詳細(xì)信息，不同臨床藥物試驗的研究目的、試驗設(shè)計、入組條件、適應(yīng)癥等可能有所不同，患者可以咨詢主治醫(yī)生或者相關(guān)專業(yè)人士，根據(jù)臨床試驗編號，聯(lián)系臨床試驗入組。
